Il primo registro dell'allora Gabinetto Fotocinematografico, che riuniva in sé Laboratorio, Archivio Fotografico e Fototeca, risale al 1 luglio del 1951. In quel periodo, su di un unico registro, venivano inventariate con numero progressivo sia le foto realizzate dal Laboratorio, sia quelle acquisite tramite donazioni, nonché le lastre fotografiche prodotte in sede e i materiali mobili e immobili assegnati al Gabinetto Fotocinematografico. La situazione rimane invariata fino al 1957, quando viene istituito un registro apposito per il carico e lo scarico dei beni mobili ed immobili. Permane però l'equivoco tra lastre fotografiche e stampe fino a che, negli anni sessanta, il registro viene utilizzato solo per l'inventariazione di lastre e pellicole fotografiche. Da allora la Fototeca viene spostata nella Biblioteca, diventando un corpo a se e fornendo un servizio di documentazione fotografica in aggiunta a quelli già esistenti per gli studiosi. Attualmente la Fototeca consta di circa 20000 stampe fotografiche in bainco e nero, 20000 diapositive e 6000 fotocolors.

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